Eastern State Penitentiary kan have protestantiske rødder, men den havde også en jødisk synagoge, som sammen med sin rige historie blev afsløret for offentligheden i en begrænset periode i april 2008.
Selvom den jødiske fængselsbefolkning aldrig udgjorde mere end 80 ad gangen, var der en stærk jødisk tilstedeværelse på fængslet tilbage til 1845. Lokale rabbinere kom til at rådgive de indsatte og give religiøse aflæsninger.
I begyndelsen af 1920'erne, efter at Pennsylvania-isolationssystemet var blevet forladt, foreslog Alfred Fleisher, daværende præsident for fængselets bestyrelse, opførelsen af en synagoge for bedre at imødekomme de jødiske indsatte behov. Fanger og lokale frivillige forsøgte at opbygge det religiøse center i de tidligere træningscentre af celleblok syv.
Det var et udsmykket rum med et dekoreret loft og rødt flisebelagt gulv. Bænke foret væggene, mens en læserbord og Torah Torah Ark fyldte rummet. Fleisher tiltrådte de indsatte for hver gudstjeneste i synagogen indtil hans død i 1928. Senere samme år blev synagogen dedikeret til Fleisher, og en bronzeplack blev opført i hans hukommelse.
Andre mindeværdige deltagere i synagogen inkluderede Joseph Paull, en berømt jødisk stærk mand, der blev opfordret af Fleisher i 1923 til at underholde de indsatte med sine kræfter om styrke. Paull udviklede en stor sammenhæng med de indsatte, vendte tilbage til tjenester og forsynede fængslet med mad fra hans koscher slagter. Senere lærte han om vanskeligheden, som nogle fanger stod over for - de var berettigede til prøveløshed, men kunne ikke løslates, fordi de ikke havde sikret beskæftigelse - skabte han et program, der matchede fanger med arbejdsgivere. Paull ville fortsat være en loyal tilhænger af fængselssamfundet indtil hans død i 1966.
Tjenesteydelser i synagogen fortsatte indtil fængslets lukning i 1971. Forladt i de næste 33 år ville det falde i en stor forfaldsstat. Stenvægge, der fører til Synagogeens indgang kollapsede, hindrede adgang, og dele af gipsloftet faldt fra forringelse på grund af vandskader. I 2004 forsøgte University of Pennsylvania-studerende Laura Mass, efter at have undersøgt bøden for sin kandidatgrad i historisk bevaring, forsøgt at afsløre det glemte tilbedelseshus under murbrokkerne.
Under udgravningen fandt masse rester af det dekorative gipsloft, sider i en feriesangbog og dele af en Davidsstjerne. Disse opdagelser opmuntrede det historiske sted for det østlige stats strafbold til at oprette et synagoge-restaureringsudvalg. I dag fortsætter genopbygningen af Alfred W. Fleisher-synagogen og forventes at deltage i fængslets offentlige turné i oktober 2009.
Synagogen i 1995, før den blev renset. (Greg Brooks) 
"Den mistede synagoge" ved Eastern State Penitentiary. (Eastern State Penitentiary Historic Site) 
"Den mistede synagoge" ved Eastern State Penitentiary. (Eastern State Penitentiary Historic Site)
