Indonesien er den oversettede fødested for professionel paleoanthropology. I Europa i midten af det 19. århundrede opdagede forskere en uddød hominid-art for første gang: neandertalere. Faktisk er det mere nøjagtigt at sige, at neandertal-fossiler blev fundet af lægfolk, som derefter bragte dem under kendte anatomister. Først i 1890 gik en forsker ud i marken og ledte efter hominidknogler. Eugene Dubois, en hollandsk læge, rejste til Indonesien, derefter en hollandsk koloni, på jagt efter menneskelige forfædre. I 1891 opdagede han Homo erectus- fossiler og gjorde hominid-jagt til en ordentlig bestræbelse - og gjorde Asien til en destination for paleoanthropologer.
Trinil: Dubois 'opdagelser fandt sted nær landsbyen Trinil i det centrale Java. Hans første fund var et kraniet, der hidtil er kendt for 700.000 til 1 million år siden. Kraniet så menneskeligt ud, men den havde tykke knogler, tunge bryggerier og et lavt, skrånende pande. Et år senere, i 1892, fik Dubois en næsten komplet lårben, der så næsten moderne ud. Han besluttede, at knoglerne tilhørte en uddødd art, der var en "manglende forbindelse" mellem aber og mennesker. Han opkaldte arten Pithecanthropus erectus (“stående abemand”). Undertiden kaldes Java Man, i dag kaldes arten Homo erectus .
Ngandong: Hollandske forskere opdagede flere H. erectus- fossiler, der repræsenterede 15 individer, i Java i 1930'erne nær landsbyen Ngandong ved Java's Solo-flod. Indtil for nylig mente paleoanthropologer, at Ngandong-knoglerne repræsenterede en meget nylig H. erectus- befolkning. Tænkt på at være måske så ung som for 30.000 til 50.000 år siden, kunne disse hominider have været samtidige af neandertalere og moderne mennesker, der bor i Europa og Vestasien. Men nyere feltarbejde og dataanalyser antyder, at Ngandong-hominiderne levede meget tidligere, engang mellem 143.000 og 546.000 år siden.
Mojokerto: I 1936 afslørede en assistent, der arbejdede med den hollandske geologiske undersøgelse, et delvist kraniet af et to til tre år gammelt barn i det østlige Java. Teammedlem Ralph von Koenigswald, en tysk paleontolog, anerkendte kraniet som tilhørende en tidlig hominid, H. erectus . Selvom den nøjagtige placering og derfor alder af fossil er blevet sat spørgsmålstegn ved i de senere år, mener forskere generelt, at Mojokerto-kraniet er fra ca. 1, 8 millioner år siden. Det gør det til en af de ældste hominidknogler nogensinde fundet uden for Afrika.
Sangiran: Mellem 1937 og 1941 fandt von Koenigswald yderligere fossile H. erectus på stedet for Sangiran i det centrale Java. Fundene omfattede tre delvise kranier, delvise kæber og snesevis af isolerede tænder. Disse fossiler, der dateres til mere end en million år siden, hjalp med til at bekræfte gyldigheden af artsstatus for H. erectus . I dag kan turister besøge det fossile sted, der er hjemsted for igangværende udgravninger samt et museum.
Flores: Indonesiens seneste hominid-opdagelse var en stor shocker. I 2004 meddelte en gruppe forskere fra Indonesien og Australien, at de havde fundet en usædvanlig samling af fossiler på den indonesiske ø Flores. Knoglerne hørte til et lille-hjernet hominid, der stod mindre end fire fod høje og vejer mindre end 70 pund - alligevel var nogle af fossilerne kun 17.000 år gamle. Forskerne besluttede, at "Hobbit" tilhørte en ny art, Homo floresiensis . Da artens stamfar, måske H. erectus, ankom til øen, udviklede hominiden sig at være mindre som en tilpasning til at leve på en lille ø. Kritikere siger imidlertid, at Hobbit faktisk er et moderne menneske med en slags vækstforstyrrelse.
