Mens ekspeditionen blev organiseret ved bredden af Mississippi-floden i februar 1804, skrev William Clark til sin ældre bror Jonathan, på hvem han var kommet til at stole på vejledning og råd. Tyve år ældre end William havde Jonathan været oberstløjtnant i revolutionskrigen og en britisk krigsfanger fra 1780 til 1781. Det var først efter Jonathans parole i 1781, da han vendte hjem for at sætte sig ud resten af krigen, at brødrene havde lært hinanden godt at kende. Som den ældste Clark søskende af ti, var Jonathan blevet noget af en farsfigur for den yngre mand. Da William forlod Indiana i oktober 1803 med det nyudviklede Corps of Discovery, tilbragte Jonathan to dage med ham og rejste med kølbåd ned ad floden Ohio.
I dette brev, hentet fra Dear Brother, en samling af William Clarks breve redigeret af James J. Holmberg, fortæller William Jonathan om begivenheder, der førte til overførslen af Louisiana-territoriet fra fransk og spansk styre til amerikansk styre, som ville finde sted den marts 9, 1804, i St. Louis. (En officiel landoverførselsceremoni, der varede i 21 dage, var blevet afholdt i New Orleans i slutningen af 1803.) Louisiana-køb ændrede naturligvis ekspeditionens art fra en skjult søgning efter en nordvestpassage til en åben spejdning af handelsposter og fremtidige bosættelser.
Kære bror
St. Louis 25. februar. 1804
Dit brev fra den første januar overgav jeg stillingen inden den sidste, og skulle have skrevet dig til sidst, men jeg var på det tidspunkt så utilpas, at jeg ikke kunne .... Capt. Lewis og mig selv kom til dette sted en kort tid siden, for at [sic] foretage de nødvendige arrangementer til vores rutning op Missoureis, som derefter ligger arly i aprill,
Lt. Govr. af dette sted modtog i sidste uge ordrer fra hans regering om at levere denne provins til kaptajn Stoddard Ajunt af Den Franske Republik & Comdt. for at USA modtog Coloney for de nævnte stater .... en stor middag & porrade fandt sted ved Lt.-regeringerne - i morges stammede kaptajn Stoddard på vegne af den franske republik og fik et svar fra Lt. Govr. at han ville ekspedere uddelingen og han fikseret på et tidspunkt så hurtigt som muligt .... vi spiste som i går med lt. Govr. en mest sumpcious middag & en stor Compy. en stor del af formalitet og parade blev vist_ Kaptajn S [toddard] har vist mig alle sine ordrer & c. som han har til hensigt at udstede, er de sådan, som jeg er meget enig i ....
Vær venlig at præsentere mig oprigtigt for søster John Mr. & Ms. Temple & det berømte og tro mig at have mere end broderskab Wm Clark
