Mens HMS Beagle stoppede ved havnen i St. Julian i Patagonia, indsamlede Charles Darwin nogle knoglefragmenter, som han foreløbigt identificerede som tilhørende "et stort dyr, jeg har lyst til en Mastodon." Men da benbenet og rygsøjlen kom tilbage til England, afslørede senere undersøgelse, at dyret var en helt anden væsen, en der lignede en enorm kamel eller en lama med en lang hals og en hængende, tapirlignende næse. Anatomist Richard Owen kaldte det Macrauchenia patachonica .
På sin rejse opdagede Darwin også Toxodon platensis, der havde kroppen af en tung næsehorn, ansigtet på en flodhest og tænderne fra en gnaver. Disse mærkelige dyr fra Pleistocen var fascinerende, men indtil for nylig kunne ingen finde ud af, nøjagtigt, hvor de skal placeres i pattedyrets slægtstræ, rapporterer Jo Marchant for Nature News . De var hovdyr - en del af den store gruppe klovdyr, der indeholder heste, svin, hjorte og flodheste. Men var de mere som afrikanske elefanter og jordvarke eller som sydamerikanske armadilloer og dovendyr? Endnu nyere metoder til konstruktion af slægtstræer ved hjælp af DNA kunne ikke hjælpe: knoglerne havde ikke nok DNA til at analysere.
Men et forskerteam indså, at knoglerne havde bundter af struktureret protein - kollagen, som findes i hud, sener og holder sammen muskelvæv. En detaljeret analyse af kollagen skrabet fra knoglerne fra disse gamle hovdyr gav svaret. Marchant skriver:
Holdet byggede først et kollagen-slægtstræ, som lagde kollagen-sekvenserne for forskellige pattedyr ud fra deres familiære forhold. Forskerne måtte udvinde og sekvensere kollagen fra tapirs, flodheste og jordvarks for at opbygge deres billede. Med det i hånden sekventerede de kollagen fra fire hovdyrprøver fra to forskellige museer i Argentina - to Toxodon- prøver omkring 12.000 år gamle og to Macrauchenia, der ikke kunne dateres - og sammenlignede de gamle proteiner mod deres træ.
Begge enorme dyr tilhører den samme gruppe som heste, tapirs og næsehorn, kaldet Perissodactyla. Den lama-lignende Macrauchenia og den næsehornslignende Toxodon har nu et taksonomisk hjem. Forskerne offentliggjorde deres fund i Nature .
Holdets succes er måske ikke den eneste, der er muliggjort ved analyse af gamle proteiner. Dagens værktøjer er bedre end nogensinde med at trække proteinbiter fra gamle prøver og måle dem. Marchant skriver:
Proteiner kan også være nyttige til undersøgelse af uddøde arter, der levede for nylig i varmere miljøer, hvor DNA-undersøgelser er vanskelige: hvad [bioarkeolog Matthew Collins fra University of York, UK] beskriver som "underlige og vidunderlige" dyr omkring i det sene Pleistocene, fra dværgelefanter og enorme gnavere fra den indonesiske ø Flores til Australiens gigantiske firben og kenguruer.
For at finde ud af afstamningerne fra nyligt uddøde dyr, siger Collins, at antik proteinanalyse "virkelig kunne rokke båden."
